교육인적자원부는 11. 17(목) 교원평가 시범학교 선정발표와 관련 이를 저지·방해하기 위해 일부단체에서 선정된 학교 점거 농성 등이 예상되어 각 시·도교육청에서 법과 원칙에 따라 엄정하게 대처, 시범학교에 혼란이 발생하지 않도록 조치하라고 지시하였다.
또한, 시범학교로 선정된 학교 점거에 대비 학교시설물 관리 철저 및 시설보호를 관할 경찰서에 요청하고 시범학교별 교육청 책임자를 파견 조치하며 불법점거 등으로 수업을 못할 경우 해당단체·교사를 수업방해 및 학생들의 학습권 침해로 고발 조치하고, 시범운영을 방해할 경우 업무방해죄로 고발 조치토록 하였다.
아울러 방해 핵심주동자 등은 증거서류를 철저히 확보하여 징계 및 사법처리에 철저히 대비하라고 지시하였다.